Сложность
Сложность
Продвинутый
Тип обучения
Тип обучения
Курс
Формат обучения
Формат обучения
Записанные лекции
Сертификат
Сертификат
Да

Стоимость курса

2 000 ₽
нет рассрочки

Здравствуйте коллеги! Этот курс сделан биологами для биологов. Мы сделали курс для тех, кто недавно заинтересовался темой анализа данных секвенирования. Для тех, кто хочет подкрепить теорию настоящей лабораторной работой.

Наша задача — пройтись по некоторым основным этапам обработки данных секвенирования ДНК, вместе с вами обрабатывая реальные данные.

Наша цель — продемонстрировать вам один из вариантов, как это может происходить.

Мы хотим показать ГДЕ и КАК можно взять данные и ЧТО с ними в принципе можно сделать полезного, используя доступный любому биологу обычный компьютер, и акцент нашего курса строится именно на вопросе, КАК это сделать.

Начальные требования

1) Общие теоретические знания по Секвенированию ДНК;

2) Знания Linux — уровень пользователя;

3) Чтение на английском языке.

UPD. Для получения промокода на скидку обращайтесь на страничку  практикума вконтакте https://vk.com/public208125418

Что вы получите после обучения

Приобретаемые навыки
3
Анализ данных
4
Секвенирование ДНК
5
Next generation sequencing (NGS)
6
Входной контроль качества
7
Выравнивание прочтений и поиск вариантов
8
Сборка генома

Вас будут обучать

Я биолог, основные направления деятельности: - Исследования и разработка в области биотехнологии - Исследования и разработка в области молекулярной биологии и генетики

Биология это моя любимая работа и одно из главных увлечений в жизни, в котором я постоянно совершенствуюсь. Работаю в биотехнологической компании и занимаюсь научными исследованиями в области вычислительной биологии. Активно учусь на STEPIK с 2018 - пока все идет хорошо ;-)) Закончил биологический факультет МПГУ в 2009-м году. Работал в Гос.НИИ генетики и селекции промышленных микроорганизмов, НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи, ЗАО «БИННОФАРМ», с 2016 года научный сотрудник ALOMONE LABS.

Образовательная организация

Stepik — образовательная платформа и конструктор онлайн-курсов.

Мы разрабатываем алгоритмы адаптивного обучения, сотрудничаем с авторами MOOC, помогаем в проведении олимпиад и программ переподготовки.

Наша цель — сделать образование открытым и удобным.

Stepik — широко известная российская образовательная платформа, основанная в 2013 году. На Stepik зарегистрировано более миллиона пользователей из России и стран СНГ. В настоящее время на Stepik представлены несколько тысяч учебных курсов на самые разные темы.

Платформа Stepik включает в себя конструктор бесплатных занятий и уроков. Создать интерактивный обучающий курс может любой зарегистрированный пользователь. При этом авторы обучающих материалов сохраняют авторские права. Сервис не имеет ограничений по числу обучающихся на курсе.

Stepik имеет обширные возможности по созданию онлайн-курсов, обучающих занятий и уроков с использованием текстов, видео, картинок, тестовых задач, в процессе выполнения которых можно вести обсуждения с остальными обучающимися, а также с преподавателем. Всего в Stepik присутствует 20 типов заданий, проверка которых может осуществляться как в автоматическом, так и в ручном режиме.

Большим преимуществом данной платформы является возможность встраивать созданные материалы на сторонние сайты, например, Moodle и Canvas.

Кроме того, Stepik может использоваться в качестве площадки для проведения разнообразных мероприятий, таких как олимпиады и конкурсы.

Интерфейс платформы полностью русскоязычный, достаточно дружественный и интуитивно понятный. Платформа полностью бесплатна.

За каждый пройденный курс в Stepik обучающийся получает сертификат о прохождении. Получение сертификата также бесплатно.

Программа курса

Введение
1. Что это за практика? 
2. Что нам понадобится? Системные требования. 
3. Настройка рабочего пространства - что именно?
4. Откуда и какие данные возьмем? 
5. Что со всем этим можно делать? 
Входной контроль качества
1. Оценка качества - FastQC
2. Пробоподготовка - Trimmomatic
3. Проверка контаминации - таксономическая проверка
Выравнивание прочтений и поиск вариантов
1. Выравнивание и визуализация
2. Поиск вариантов и визуализация
3. Аннотация вариантов
Сборка генома
1. От ридов к контигам
2. От контигов к консенсусу
Заключение
1. Pipeline - блок-схема.
2. Итоговый тест
3. Послесловие

Рейтинг курса

4
рейтинг
0
0
0
0
0

Может быть интересно

обновлено 28.05.2023 02:46
Анализ данных NGS: практика для начинающих.

Анализ данных NGS: практика для начинающих.

Оставить отзыв
Поделиться курсом с друзьями