Анализ данных NGS: практика для начинающих.

16 уроков,

начало 27 июля

Сложность

Продвинутый

Тип обучения

Курс

Формат обучения

Записанные лекции

Сертификат

Да

Стоимость курса

2 000 ₽

нет рассрочки

Здравствуйте коллеги! Этот курс сделан биологами для биологов. Мы сделали курс для тех, кто недавно заинтересовался темой анализа данных секвенирования. Для тех, кто хочет подкрепить теорию настоящей лабораторной работой.

Наша задача — пройтись по некоторым основным этапам обработки данных секвенирования ДНК, вместе с вами обрабатывая реальные данные.

Наша цель — продемонстрировать вам один из вариантов, как это может происходить.

Мы хотим показать ГДЕ и КАК можно взять данные и ЧТО с ними в принципе можно сделать полезного, используя доступный любому биологу обычный компьютер, и акцент нашего курса строится именно на вопросе, КАК это сделать.

Начальные требования

1) Общие теоретические знания по Секвенированию ДНК;

2) Знания Linux — уровень пользователя;

3) Чтение на английском языке.

UPD. Для получения промокода на скидку обращайтесь на страничку практикума вконтакте https://vk.com/public208125418

Что вы получите после обучения

Приобретаемые навыки

Биология

Секвенирование ДНК

Next generation sequencing (NGS)

Linux

Входной контроль качества

Выравнивание прочтений и поиск вариантов

Сборка генома

Анализ данных

Вас будут обучать

Alexandr Dorokhin

курс

Я биолог, основные направления деятельности: - Исследования и разработка в области биотехнологии - Исследования и разработка в области молекулярной биологии и генетики

Биология это моя любимая работа и одно из главных увлечений в жизни, в котором я постоянно совершенствуюсь. Работаю в биотехнологической компании и занимаюсь научными исследованиями в области вычислительной биологии. Активно учусь на STEPIK с 2018 - пока все идет хорошо ;-)) Закончил биологический факультет МПГУ в 2009-м году. Работал в Гос.НИИ генетики и селекции промышленных микроорганизмов, НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи, ЗАО «БИННОФАРМ», с 2016 года научный сотрудник ALOMONE LABS.

Образовательная организация

Stepik

4.6

60 отзывов

Stepik — образовательная платформа и конструктор
онлайн-курсов. Мы разрабатываем алгоритмы адаптивного обучения, сотрудничаем с авторами MOOC, помогаем
в проведении олимпиад и программ переподготовки.
Наша цель — сделать образование открытым и удобным.

Помогаем учиться, а также создавать свои курсы и обучать

Первые учебные материалы были размещены на платформе в 2013 году. Сегодня среди охваченных курсами тем: программирование, информатика, математика, статистика
и анализ данных, биология и биоинформатика, инженерно-технические и естественные науки. Онлайн-курсы, размещенные на Stepik, неоднократно становились призерами конкурсов онлайн-курсов, а система автоматизированной проверки задач используется в ряде курсов на платформах Coursera и edX. Также Stepik активно развивает направление адаптивного обучения, где каждый сможет изучать материал, подобранный индивидуально под свой уровень знаний.

Stepik является также площадкой для проведения конкурсов и олимпиад — среди мероприятий — отборочный этап Олимпиады НТИ, онлайн-этап акции Тотальный диктант, международная олимпиада по биоинформатике.

Stepik — многофункциональная и гибкая платформа для создания образовательных материалов. Вы можете создавать онлайн курсы, интерактивные уроки с видео и различными типами заданий для учащихся, приватные курсы для ограниченной аудитории, проводить олимпиады и конкурсы, запускать программы профессиональной переподготовки и повышения квалификации, а также обучать своих сотрудников и клиентов.

Программа курса

Введение
1. Что это за практика?
2. Что нам понадобится? Системные требования.
3. Настройка рабочего пространства - что именно?
4. Откуда и какие данные возьмем?
5. Что со всем этим можно делать?
Входной контроль качества
1. Оценка качества - FastQC
2. Пробоподготовка - Trimmomatic
3. Проверка контаминации - таксономическая проверка
Выравнивание прочтений и поиск вариантов
1. Выравнивание и визуализация
2. Поиск вариантов и визуализация
3. Аннотация вариантов
Сборка генома
1. От ридов к контигам
2. От контигов к консенсусу
Заключение
1. Pipeline - блок-схема.
2. Итоговый тест
3. Послесловие