Курс находится на модерации. Данные могут быть неактуальны.
Тип обучения
Тип обучения
Курс
Зач. единицы
Зач. единицы
2
Сертификат
Сертификат
1 800 ₽ для получения

Стоимость курса

бесплатно
нет рассрочки
Метагеномика — раздел геномики, изучающий геном не отдельного организма, а совокупности обитателей микробных сообществ, живущих в разных природных условиях. На протяжении 4,5 миллиардов лет микроорганизмы являются доминирующей формой жизни на Земле. При этом только около 2% из них может быть выращено в лабораторных условиях, а об остальных мы не знаем практически ничего. Детальный анализ состава и функционирования сложных сообществ позволяет ответить на многие вопросы, связанные со здоровьем человека, охраной окружающей среды, хранением и переработкой продуктов питания, разработкой альтернативных источников энергии, и т.д. Такой анализ возможен только в результате биоинформатической обработки огромных массивов данных, получаемых при секвенировании суммарной метагеномной ДНК и/или отдельных генов. В предлагаемом курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» мы затронем вопросы подготовки метагеномных проб и особенностей их анализа; математических подходов, лежащих в основе созданных специально для этого типа данных программных продуктов; вопросы секвенирования и сборки метагеномов, их аннотации и применения. С середины курса участникам будет предложен проект, по результатам работы над которым и будет в основном оцениваться степень освоения ими материала курса.В рамках этого проекта учащиеся будут самостоятельно работать с реальными данными, проведут самостоятельный анализ.

Вас будут обучать

Кандидат биологических наук Должность: Профессор кафедры цитологии и гистологии; руководитель лаборатории "Центр алгоритмической биотехнологии"
Кандидат биологических наук Должность: постдок, Калифорнийский университет в Сан-Диего
Кандидат биологических наук Должность: старший научный сотрудник, Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского

Образовательная организация

Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России. В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности. Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ.
Санкт-Петербургский университет делает все возможное, чтобы не допустить распространения вируса: организовано дистанционное обучение, в ситуации крайней необходимости изменен порядок документооборота, студенты-волонтеры оказывают помощь универсантам, тысячи студентов других вузов зачислены на онлайн-курсы СПбГУ.

St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University.

Новый элемент системы российского образования — открытые онлайн-курсы — cможет перезачесть любой университет. Мы делаем это реальной практикой, расширяя границы образования для каждого студента. Полный набор курсов от ведущих университетов. Мы ведём системную работу по созданию курсов для базовой части всех направлений подготовки, обеспечивая удобное и выгодное для любого университета встраивание курса в свои образовательные программы
«Открытое образование» – это образовательная платформа, предлагающая массовые онлайн-курсы ведущих российских вузов, которые объединили свои усилия, чтобы предоставить возможность каждому получить качественное высшее образование.

Любой пользователь может совершенно бесплатно и в любое время проходить курсы от ведущих университетов России, а студенты российских вузов смогут засчитать результаты обучения в своем университете.

Программа курса

1. Вводная лекция.

  • описание метагеномных сообществ различной природы
  • что такое метагеномика, где обитают микробные сообщества
  • как их анализируют, особенности контроля качества, где и как используются полученные знания
  • контрольные вопросы и задания по ходу лекции для закрепления терминологии и небольшая контрольная в конце (идет в зачет)

2. Получение экспериментальных данных для метагеномных проектов

  • NGS технологии для метагеномики
  • WGS - полногеномный сиквенс
  • данные (data generation approaches) для 16S анализа разнообразия изучаемого сообщества
  • форматы данных для последующего анализа
  • контрольные вопросы и задания по ходу лекции для закрепления терминологии и небольшая контрольная в конце (идет в зачет)

3. Аналитические подходы: 16S анализ

  • оценка качества данных для 16S, 18S анализа
  • анализ с помощью баз данных 16S – алгоритмы и подходы
  • построение филогенетических деревьев на основе 16S данных и их визуализация (термины, параметры, оценки надежности и т.д.)
  • таксономическая представленность
  • контрольные вопросы и задания по ходу лекции для закрепления терминологии и небольшая контрольная в конце (идет в зачет)

4. Аналитические подходы: бининг

  • значение и применение
  • алгоритмы (тетрануклеотидный анализ, кластеризация, GC%)
  • визуализация результатов анализа
  • интерпретация полученных результатов
  • контрольные вопросы и задания по ходу лекции для закрепления терминологии и небольшая контрольная в конце (идет в зачет)

5. Аналитические подходы: полногеномная сборка и gene centric сборка

  • что такое сборка, чем в случае метагеномов она отличается от сборки изолятов
  • алгоритмы – сложности и особенности
  • gene centric сборка и случаи ее применения
  • практический модуль, на реальных примерах знакомящий слушателей с работой сданными
  • визуализация
  • контрольные вопросы и задания по ходу лекции для закрепления терминологии и небольшая контрольная в конце (идет в зачет)

6. Аннотация и анализ метаболических путей

  • что происходит после сборки и аннотации
  • программы, созданные для метаболического анализа
  • работа онлайн в реальном времени с данными реальных экспериментов
  • контрольные вопросы и задания по ходу лекции для закрепления терминологии и небольшая контрольная в конце (идет в зачет)

7. Заключение

  • о чем курс
  • чему научились
  • что осталось за кадром
  • перспективы метагеномных исследований

 

Рейтинг курса

3.5
рейтинг
0
0
0
0
0

Может быть интересно

обновлено 21.04.2024 02:01
Введение в биоинформатику: метагеномика

Введение в биоинформатику: метагеномика

Оставить отзыв
Поделиться курсом с друзьями